Le Secche di Tor Paterno sono costituite da creste rocciose completamente sommerse e non visibili dalla superficie. Queste creste sono popolate da organismi animali e vegetali che, aderendo e modificando il substrato, ne hanno alterato la forma nel corso del tempo. Il fondale è costituito dall’accumulo di sedimenti di origine terrestre, principalmente provenienti dall’attività del fiume Tevere. Le sommità delle creste rocciose, che raggiungono i 25 metri di profondità, sono popolate da praterie di Posidonia oceanica, una pianta endemica del Mediterraneo che è ormai molto rara e minacciata nel Tirreno.