L’area dello Stagnone presenta un’importanza notevolissima, sia dal punto di vista paesaggistico che biologico-ambientale. Il sistema delle saline e le aree più o meno depresse ospitano un’insieme di comunità vegetali a carattere alofitico e subalofilo, caratterizzate da entità alquanto specializzate e rare in Sicilia, anche in funzione della peculiarità dell’habitat, oltre che dalla stessa regressione nel territorio regionale. Nel 1980 l’area è stata dichiarata di elevato valore ornitologico a livello internazionale venendo inserita in un apposito “inventario” e nel 1989, assieme alle saline di Trapani, nell’elenco delle aree di particolare importanza ornitologica in Europa. La presenza delle formazioni di Posidonia oceanica, oltre all’importanza come nursery area per le specie ittiche, completano le peculiarità di quest’ambiente, che più di qualsiasi altro ha mantenuto un equilibrio fra le millenarie attività umane (pesca, acquacoltura e salicoltura) e le sue caratteristiche naturalistiche ed ecologiche. All’interno della prateria di Posidonia oceanica è possibile trovare la Pinna nobilis, il più grande bivalve presente nel Mediterraneo e inserito nell’All. 4 della Direttiva Habitat. L’area marina è segnalata come elettiva per i processi di speciazione di taxa marini.