Le isole dei Ciclopi comprendono alcuni isolotti basaltici residui di affioramenti lavici dell’Etna, situati nel bioclima termomediterraneo inferiore con ombrotipo subumido superiore. La vegetazione è poco differenziata e povera, con prevalenza di aspetti alofili come il finocchio marino e il ginestrino delle scogliere, e cespuglieti subalofili come Senecione bicolore e Suaeda fruticosa. Praticelli effimeri subalofili a Erba franca annua si trovano in alcune stazioni, mentre lembi di macchia ad Euforbia arborea sono presenti nelle zone più elevate. L’area è un’attrazione turistica per la sua bellezza paesaggistica. Sono presenti entità rare o di interesse fitogeografico nell’area, come indicato nell’elenco. La fauna ospita l’endemico microinsulare Podarcis sicula ciclopica (Taddei, 1949) presente anche a Faraglione Grande, una specie vulnerabile e meritevole di tutela rigorosa.