L’isola pur essendo abbastanza urbanizzata si presenta attualmente ricoperta, soprattutto sui versanti dei coni vulcanici e nella fascia costiera più impervia, da densi ed estesi arbusteti frammisti a lembi di boschi. Ciò conferisce all’isola un certo valore naturalistico e paesaggistico. Ben rappresentati sono inoltre gli aspetti legati ad ambienti rocciosi diffusi sia sul litorale che all’interno. Come le altre isole dell’arcipelago ospita numerosi endemismi, molti dei quali risultano abbastanza diffusi e ben rappresentati. L’isola si trova su un’importante rotta migratoria per rapaci e cicogne che interessa lo stesso flusso migratorio dello stretto di Messina. Significativo è inoltre il passaggio, in particolare in periodo autunnale, dei passeriformi; abbondanti sono Turdidi e Silvidi. Tra i nidificanti le presenze più rilevanti sono rappresentate dalle colonie di Falco della regina, allocate sulle falesie rocciose. Lo stato di conservazione degli habitat può essere ritenuto buono ed in alcuni casi ottimo consentendo la sopravvivenza di una fauna relativamente ricca con alcune specie endemiche, talora del solo arcipelago eoliano, o della sola isola di Salina, come la lucertola Podarcis raffonei, esclusiva dello Scoglio Faraglione, attualmente escluso dal perimetro del sito per il quale si propone l’inclusione nel perimetro.