L’Isola di Gorgona è un prezioso paesaggio mediterraneo con coste alte e fondali rocciosi fino a 40-50 metri di profondità. Ci sono cinque cavità sommerse, tra cui la grotta del Bue Marino, con una superficie totale di circa 500 metri quadrati. Altre cavità minori si trovano lungo la costa di Cala di Pancia a 30 metri di profondità.
L’isola ospita specie rare mediterranee ed è un importante sito di nidificazione per diverse specie di uccelli marini e terrestri. La presenza di una colonia penale ha aiutato a preservare l’isola, mantenendo una popolazione costante e attività correlate.
Le praterie di Posidonia oceanica che circondano l’isola sono ben conservate, tranne alcune porzioni vicino agli insediamenti umani. I popolamenti coralligeni sono sviluppati soprattutto nella parte settentrionale dell’isola, in Punta Paratella, Capo Zirri e sulle secche di Punta della Tacca e Cala Scirocco. Ci sono formazioni di Lithophyllum byssoides a Cala Maestra e tra Punta della Tacca e Cala Scirocco. Popolamenti di Cystoseira amentacea var. stricta si trovano in tutto il perimetro dell’isola, mentre estesi popolamenti di Cystoseira spinosa si trovano sulle secche e sui fondi a rodoliti.