I fondali delle Isole Pelagie, a largo della costa sud della Sicilia, hanno una ricca vegetazione marina simile al settore centro-orientale del bacino. La fauna meridionale è diversificata con elementi biogeografici da distretti orientali e occidentali. Su Lampedusa e Lampione, la vegetazione sommersa è influenzata dal substrato calcareo e dall’esposizione. Su substrato roccioso, la vegetazione è originale con specie guida e semplificata rispetto alla zonazione del Mediterraneo. A Linosa, i popolamenti a Cistoseira sembrano in regressione a causa dei cambiamenti climatici. Sono presenti importanti biocenosi dell’infralitorale, come le Praterie di Posidonia oceanica e i Coralligeni. La deposizione delle uova della tartaruga marina caretta avviene in due siti protetti. Lampedusa ospita circa 100 Tursiope con alta fedeltà al sito e altre specie stagionali come la balenottera comune e il delfino comune. Le isole Pelagie sono un’area di nursery per la ricciola, importante per la pesca locale. Si osserva una concentrazione stagionale di altre specie di grandi pelagici come l’alletterato tonnetto.