Il Sito di San Teodoro include due bacini collegati: uno stagno interno e il bacino Pescaia, collegato al mare. Un lungo tombolo sabbioso con dune ben strutturate li separa dal mare. I bacini coprono circa 230 ettari, con 32 ettari occupati dal bacino Pescaia. Lo stagno è alimentato da due torrenti e ha fondali fangosi e sabbiosi. Il bacino Pescaia comunica col mare attraverso un canale di 20 metri, che tende spesso a interrarsi. La laguna, lunga circa 3,5 km e larga 1,3 km, ospita una peschiera attiva. Lo stagno riceve reflui trattati dal depuratore di San Teodoro. Lo Stagno di San Teodoro, dietro la spiaggia della Cinta, è molto importante per il riposo, la svernamento e la riproduzione di molti uccelli acquatici, anche di interesse internazionale, ed è considerata la zona umida più significativa della costa nord-orientale della Sardegna. La fascia sabbiosa ha vegetazione pioniera e alofite, mentre le acque salmastre ospitano vegetazione vascolare e paludi con Juncus acutus e Juncus maritimus. Il sito include anche una parte marina con una prateria di Posidonia oceanica, attualmente in cattivo stato di conservazione.