Lo Stagno di Casaraccio (o delle Saline), poco profondo, occupa una superficie di circa 7,5 ha. E’ separato dal mare da una sottile striscia sabbiosa ed ha uno sviluppo in lunghezza in senso perpendicolare alla linea costiera di circa 800 m contro una larghezza di soli 100 m. Lo Stagno di Pilo ha invece un’estensione di circa 1.2 km2. E’ separato dal mare da una sottile duna sabbiosa. A differenza dello stagno delle saline quello di Pilo è alimentato da piccoli ruscelli che ne addolciscono le acque in maniera irregolare in più punti. I due stagni sono posti alle estremità Nord e Sud del sito; la parte di costa è bassa e sabbiosa e si estende, con andamento lineare, da Torre delle Saline, vicina allo stagno di Casaraccio, a Cabu Aspru, vicino allo stagno di Pilo. I fondali marini sono poco profondi, all’incirca tra i 5 e i 10 m, e caratterizzati dalla presenza di praterie di Posidonia. I terreni affioranti nel sito sono prevalentemente ghiaie, sabbie, limi e argille sabbiose dei depositi alluvionali, colluviali, eolici e litorali travertini. Inoltre, ed in particolare nella parte inferiore dell’area alle spalle dello stragno di Pilo, sono presenti conglomerati a matrice argillosa e arenarie di sistema alluvionale. Le due aree stagnali sono raccordate dalla fascia litoranea della spiaggia delle antiche saline e delle basse dune che le caratterizzano con i diversi habitat della serie completa della vegetazione alofila e psammofila. Le acque salmastre accolgono significative estensioni della vegetazione vascolare delle acque salse (a ruppia) che sfumano negli habitat delle alofite con dominanza di succulente e nella vegetazione di paludi sub-salse. Per l’avifauna il sito è tra le più importanti aree umide del Nord Sardegna.