Lo Stagno di Cagliari si trova in un antico fondovalle modellato dai fiumi Rio Mannu e Cixerri, poi riempito con sedimenti fluviali, palustri e marini. Attualmente, l’area è circondata da insediamenti urbani e industriali. Dal punto di vista ecologico, la vegetazione del sito varia in funzione del livello dell’acqua, creando comunità vegetali ben strutturate e diversificate. Sono presenti piante tipiche di terreni sabbiosi, oltre a vegetazione alofila, che tollera il sale, sia annuale che perenne, e vegetazione idrofila, che cresce in ambienti acquatici.