Il sito si colloca nel settore sud-occidentale della Sardegna lungo la costa dell’iglesiente, e comprende il sistema lagunare e stagnale di Boi Cerbus e la penisola sabbiosa di Punta S’Aliga, che fanno parte di un articolato sistema costiero piuttosto eteregeneo caratterizzato da un litorale di costa bassa, con importanti sistemi lagunari e zone di impaludamento, frecce litorali sabbiose e modesti campi dunari. Nel sito vi sono importanti formazioni vegetali rappresentative quali Spartina delle dune e di Piantaggine a foglie grasse, la Salicornia fruticosa, l’Atriplice portulacoide, l’Erba da chiozzi comune e le praterie di Posidonia oceanica. La fascia costiera sabbiosa è caratterizzata da diversi tipi di boscaglie e macchie di notevole pregio naturalistico. La vegetazione delle zone acquatiche include comunità di giuncheti, fragmiteti, e tifeti, con vegetazione palustre in acque dolci, e vegetazione igrofila elofitica di acque salmastre di lisca marittima e a cannuccia di palude. Attorno all’area lagunare si riscontra una vegetazione alofila di elevata importanza. Significativa infine è la presenza di specie di notevole valore naturalistico, quali limonio del Sulcis, margherita piccolissima e le due specie, firrastrina bianca e linajola sardo-corsa, tutelate dalla Direttiva “Habitat”.