Ci sono due lagune costiere, “Lesina” e “Varano”, che, pur essendo vicine, hanno caratteristiche diverse. Varano è la laguna più grande, con 6000 ettari, e ha una forma trapezoidale. Si è formata quando le correnti marine hanno chiuso un’insenatura rocciosa, creando una stretta lingua di terra chiamata “Isola”. Le sue sponde sono rocciose e le acque sono dolci, alimentate da sorgenti sotterranee. La duna di Varano è coperta da una pineta e una vegetazione tipica della macchia mediterranea. Lesina è più piccola, con 5200 ettari, e ha una forma allungata. Si è formata nel Tavoliere a causa dei depositi del fiume Fortore, che in passato sfociava più a est. Lesina è meno profonda e ha acque più salate. La duna di Lesina ospita una vasta distesa di macchia mediterranea, con la presenza di specie uniche in Puglia, come il Cistus clusii. Entrambe le lagune sono separate dal mare da dune sabbiose, e in passato erano circondate da paludi, poi bonificate.
Queste lagune sono tra le aree più rilevanti in Italia e a livello internazionale per l’avifauna acquatica, grazie alla loro vasta estensione e alla qualità degli ambienti naturali che le caratterizzano. In queste lagune trovano rifugio numerose specie di uccelli acquatici, tra cui l’Airone rosso, la Sterna, il Cavaliere d’Italia e altre specie rare che nidificano solo in questi luoghi. Le lagune svolgono anche un ruolo cruciale come aree di sosta e svernamento per molte specie di uccelli. Oltre agli uccelli, la zona ospita altre specie animali di grande importanza. Sulle spiagge delle dune sabbiose che separano le lagune dal mare, è possibile che la tartaruga caretta, una specie rara, venga a riprodursi. I tomboli che separano le lagune dal mare sono coperti da estese aree di macchia mediterranea, considerate tra le più vaste d’Italia, e rappresentano importanti aree di svernamento per molte specie di uccelli, tra cui Passeriformi. Nelle vicinanze della laguna di Varano, i sotterranei di un grande complesso militare abbandonato a San Nicola sono diventati un habitat di rifugio per numerose specie di pipistrelli, rendendolo uno dei più importanti della regione.