L’Isola di San Pietro, con una superficie di circa 51 km² e una costa di 47 km, è separata dalla Sardegna da un canale largo circa 7 km. Geologicamente, l’isola fa parte di un distretto vulcanico terziario, che comprende anche l’Isola di Sant’Antioco e altre isole minori del Sulcis. La sua struttura è principalmente composta da rocce vulcaniche, con coste alte e rocciose esposte ai venti a nord-ovest e sud-ovest, mentre le coste orientali, meno esposte, sono basse e sabbiose. L’interno dell’isola è collinare, con altitudini modeste che raggiungono i 211 metri a Guardia dei Mori. La vegetazione dell’isola è fondamentale per mantenere l’equilibrio idrogeologico, proteggendo il suolo dall’erosione. L’isola è un habitat importante per molte specie, tra cui il fenicottero, e ospita una delle più grandi colonie di falco della regina nel Mediterraneo. Tra le specie vegetali di rilievo si trovano Astragalus maritimus, endemico dell’isola, e Borago morisiana. La costa occidentale è particolarmente ricca di specie endemiche, e la presenza di praterie di Posidonia oceanica contribuisce alla stabilità degli ecosistemi marini circostanti.