L’Isola di Favignana è ubicata al largo della costa di Trapani, prendendo parte dell’Arcipelago delle Egadi, assieme alle isole di Marettimo e Levanzo ed ai piccoli scogli di Formica e Maraone. Presenta un territorio in parte degradato, anche a causa dello sfruttamento di cave di calcarenite, particolarmente intenso nel passato. Assieme alle altre isole delle Egadi presenta anche una rilevante importanza faunistica, in quanto poste lungo la principale rotta migratoria Europa-Africa della Sicilia occidentale.