Il sito comprende la parte terminale del corso del fiume Isonzo e la sua foce e una porzione della costiera isontina; questa, chiamata “Isola della Cona”, è circondata da due rami della foce del fiume ed è connessa con la terra ferma da un breve argine. Sono presenti numerosi isolotti ghiaioso-sabbiosi nella “barra di foce”, ampie superfici a canneto, zone golenali, boschi igrofili, tratti di bosco planiziale su duna fossile a pioppo bianco, vaste piane di marea con praterie di Zostera nolti e Cimodocea nodosa nonchè un’area recentemente ripristinata a zona umida con pascoli allagati, canali e ghebbi, canneti, isole arborate e nude. Le praterie salmastre e alcune barene forniscono ulteriore caratterizzazione a questo sito ecologicamente complesso. L’area riveste importanza internazionale quale habitat per uccelli acquatici, soprattutto per anatidi svernanti. E’ di primaria rilevanza anche per gli interventi di ripristino ambientale recentemente attuati nonché per il tipo di gestione che consente l’abbondante presenza di uccelli migratori in genere, fra i quali anche molti passeriformi oggetto di studi grazie all’esistenza di una stazione di inanellamento. La Stazione Biologica della Cona cataloga un totale di 311 specie di uccelli sinora segnalate. Le presenze di tartaruga caretta e tursiope sono relativamente frequenti ma sempre episodiche e legate esclusivamente a questioni trofiche. La tartaruga verde è stata certamente segnalata in queste acque soltanto nel corso del 2007.