Presenza di una delle dune a sclerofille (adattate ad ambienti semiaridi) più interessanti ed estese a livello nazionale. La laguna è stata censita come habitat prioritario e la vegetazione ripariale di Torre Fantine è di elevato valore naturalistico. Questo representa un sito importante per l’avifauna acquatica. Nella zona detta delle “Pietre nere” è presente una roccia scura di origine vulcanica, unico affioramento del genere in Puglia.