Il sito si compone di un gruppo di isole principali, quali La Maddalena, Caprera, Spargi, Budelli, Razzoli, Santa Maria e Santo Stefano, più una notevole quantità di isolotti di varia grandezza. Le superfici esposte delle rocce sviluppano forme altamente suggestive caratterizzando fortemente il paesaggio. Il sistema estremamente articolato delle isole che compongono l’Arcipelago determina un ampio spettro di condizioni ambientali che vanno dalle praterie di Posidonia oceanica, particolarmente estese e in buono stato, alla vegetazione alofila e psammofila della fascia litoranea sabbiosa e delle dune. La vegetazione alofila delle coste alte litoranee si estende su tutto il complesso dei 180 Km di coste in modo più o meno frammentato. In più stazioni si rileva la presenza della specie prioritaria silene vellutata, che qui ha le popolazioni di maggiore consistenza. Riveste grande rilevanza la gariga ad assenzio della Corsica, specie endemica dell’arcipelago e delle isole corse delle Bocche di Bonifacio. Possiamo inserire il sito tra le aree più importanti del Mediterraneo per l’avifauna pelagica; inoltre rientra nelle principali rotte di migrazione dell’avifauna tra l’Africa e l’Europa.